MediExome Trio

Description du test

MediExome Trio repose sur le séquençage de l’exome du patient atteint (=cas index) et de ses parents. Lors du séquençage de l’exome, toutes les parties codantes et sites d’épissage des 20’000 gènes codant pour des protéines sont séquencés simultanément. Les données produites sont ensuite analysées dans le but d’identifier la variation génomique qui cause le tableau clinique du patient. Cette analyse rigoureuse est effectuée grâce à une suite de programmes bioinformatiques par nos experts en génétique.

Les variants retenus sont interprétés par notre groupe d’experts en Génétique, incluant des généticiens cliniciens, des biologistes moléculaires et bioinformaticiens. Les informations cliniques fournies par le médecin sont cruciales pour interpréter les variants. Les variants pathogéniques ou probablement pathogéniques, c’est-à-dire pouvant être rendus responsables des symptômes, sont rapportés.

Grâce à la combinaison des données bioinformatiques « parents-patient », MediExome Trio permet de :

• Détecter de manière facilitée des variants survenus de novo, c’est-à-dire présents chez le patient et absents chez ses parents. Les variants de novo sont fréquemment en cause, par exemple, dans les troubles du développement.
• Analyser simultanée un plus grand nombre de gènes, y compris ceux récemment découverts pour être impliqués dans des maladies monogéniques.
• Déterminer rapidement l’origine parentale des variants identifiés, ce qui diminue les temps d’analyse.

L’efficacité de l’analyse en trio est largement reconnue.

Indications

• Suspicion de maladie monogénique, particulièrement en cas d’hétérogénéité génétique connue, c’est-à-dire que plusieurs gènes ont été impliqués dans la même présentation clinique
• Condition médicale complexe, sans diagnostic étiologique établi

Cette technologie est applicable à toutes les spécialités médicales. Le rendement diagnostique, c’est-à-dire la probabilité d’identifier une cause moléculaire, est supérieur à celui de l’analyse en solo (cf voir MediExome Solo) ; il varie selon le type de maladie.

Spécifications techniques

MediExome Trio permet de détecter les variants ponctuels (Single Nucleotide Variant ou SNV), les petites délétions ou insertions de moins de 30 pb et les variants somatiques en mosaïque de plus de 20%. Les variants du nombre de copie (Copy Number Variant ou CNV) peuvent parfois être visualisés, s’ils concernent plus de 3 exons consécutifs. Le pourcentage des nucléotides couvert à 20x est d’environ 97% pour les gènes d’intérêt. Tous les variants rapportés sont confirmés par séquençage Sanger ou une autre méthode (MLPA, array-CGH).

Echantillon

4-6ml de sang EDTA, non centrifugé pour le patient et chacun de ses parents

Délais d’analyse

8-10 semaines après réception des échantillons, accompagnés des feuilles de demande, consentements signés et, selon, d’une confirmation de remboursement pour le patient.

Remboursement

Le remboursement de l’analyse par exome est prévu par la Liste des Analyses pour le patient ; le séquençage des parents n’est actuellement pas remboursé par les assurances-maladie. Veuillez nous contacter pour plus d’informations.

Limitations

Cette analyse ne détecte pas les expansions de régions répétées (incluant les trinucléotides), les variants dans les régions avec couverture insuffisante, les variants dans les régions non analysées (éléments régulateurs ou introns), les variants dans des gènes non inclus dans le panel des gènes testés et les variants présents en faible mosaïque. De plus, le séquençage de l’exome n’est pas fiable pour détecter les translocations, les insertions, délétions et duplications de plus de 15 pb, les Copy Number Variants (CNVs) d’exons complets, les variants dans des gènes avec pseudogènes très homologues et les variants dans le génome mitochondrial.

Statistiques de performance