MediExome Solo

Description du test

MediExome Solo repose sur le séquençage de l’exome du patient atteint (=cas index). Lors du séquençage de l’exome, toutes les parties codantes et sites d’épissage des 20’000 gènes codant pour des protéines sont séquencés simultanément. Les données produites sont ensuite analysées dans le but d’identifier les variations propres à chaque individu. Cette analyse rigoureuse est effectuée grâce à une suite de programmes bioinformatiques par nos experts en génétique ; elle ne concerne que les gènes d’intérêt dans le tableau clinique du patient (panel de gènes variable selon la pathologie). Une réanalyse des données est possible en tout temps, selon l’évolution des connaissances scientifiques ou du phénotype du patient.

Les variants retenus sont interprétés par notre groupe d’experts en Génétique, incluant des généticiens cliniciens, des biologistes moléculaires et bioinformaticiens. Les informations cliniques fournies par le médecin sont cruciales pour interpréter les variants. Les variants pathogéniques ou probablement pathogéniques, c’est-à-dire pouvant être rendus responsables des symptômes, sont rapportés.

Indications

• Suspicion de maladie monogénique, particulièrement en cas d’hétérogénéité génétique connue, c’est-à-dire que plusieurs gènes ont été impliqués dans la même présentation clinique
• Condition médicale complexe, sans diagnostic étiologique établi

Cette technologie est applicable à toutes les spécialités médicales. Le rendement diagnostique, c’est-à-dire la probabilité d’identifier une cause moléculaire, est en moyenne de 25 à 30% ; il varie selon le type de maladie.

Spécifications techniques

MediExome Solo permet de détecter les variants ponctuels (Single Nucleotide Variant ou SNV), les petites délétions ou insertions de moins de 30 pb et les variants somatiques en mosaïque de plus de 20%. Les variants du nombre de copie (Copy Number Variant ou CNV) peuvent parfois être visualisés, s’ils concernent plus de 3 exons consécutifs. Le pourcentage des nucléotides couvert à 20x est d’environ 97% pour les gènes d’intérêt. Tous les variants rapportés sont confirmés par séquençage Sanger ou une autre méthode (MLPA, array-CGH).

Echantillon

4-6ml de sang EDTA, non centrifugé

Délais d’analyse

8-10 semaines après réception de l’échantillon, accompagné d’une feuille de demande, d’un consentement signé et, selon, d’une confirmation de remboursement.

Analyse de ségrégation familiale

Les variants candidats retenus après analyse sont vérifiés de manière ciblée chez le cas index. Si disponibles, les échantillons des parents permettent d’effectuer des analyses de ségrégation familiale et de faciliter l’interprétation des variants identifiés chez le patient. Le remboursement de ces analyses est prévu par la Liste des Analyses et se fait via l’assurance du patient.

Limitations

Cette analyse ne détecte pas les expansions de régions répétées (incluant les trinucléotides), les variants dans les régions avec couverture insuffisante, les variants dans les régions non analysées (éléments régulateurs ou introns), les variants dans des gènes non inclus dans le panel des gènes testés et les variants présents en faible mosaïque. De plus, le séquençage de l’exome n’est pas fiable pour détecter les translocations, les insertions, délétions et duplications de plus de 15 pb, les Copy Number Variants (CNVs) d’exons complets, les variants dans des gènes avec pseudogènes très homologues et les variants dans le génome mitochondrial.

Statistiques de performance